在故事中，故事将从《灰色乐园》结局后开始，描述原本的「CIRS」（Central Intelligence and Research Second）美日联合反恐组织，在《灰色乐园》事件后重组为「SORD」（Social Ops, Research ＆ Development）。 SORD在改组后，不但与各地学校合作，还以个人名义将废校后闲置的「美滨学园」收购，改建为「特殊技能训练校」，并收容因各种理由失去容身之地的少女们，训练她们前往执行各种危险任务。至于在这次的《4》中，将从自圣艾尔外国人学校回来的九真城恵，在女主角桐花（トーカ）的帮助下，大幅提升了自己狙击手的技巧，并与伤愈复归的玲奈、真纪等人一起磨练自己的技巧。
